Project

GSE49485: Hypoxia transcriptome sequencing of rat brain.

Navigation

Downloads

ISMARA results GSE49485: Hypoxia transcriptome sequencing of rat brain.

ISMARA - Integrated System for Motif Actitivity Response Analysis is a free online tool that recognizes most important transcription factors that are changing their activity in a set of samples.

All motifs sorted by activity significance

Motif name	Z-value	Associated genes
Wrnip1_Mta3_Rcor1	4.63	Wrnip1 NCBI RGD Ensembl Mta3 NCBI RGD Ensembl Rcor1 NCBI RGD Ensembl Rcor1 NCBI RGD Ensembl
Tbp	3.90	Tbp NCBI RGD Ensembl
Chd1_Pml	3.78	Chd1 NCBI RGD Ensembl Pml NCBI RGD Ensembl
Tfdp1_Wt1_Egr2	3.42	Tfdp1 NCBI RGD Ensembl Wt1 NCBI RGD Ensembl Egr2 NCBI RGD Ensembl
Taf1	2.84	Taf1 NCBI RGD Ensembl
Foxj3_Tbl1xr1	2.80	Foxj3 NCBI RGD Ensembl Tbl1xr1 NCBI RGD Ensembl
Ybx1_Nfya_Nfyb_Nfyc_Cebpz	2.65	Ybx1 NCBI RGD Ensembl Nfya NCBI RGD Ensembl Nfyb NCBI RGD Ensembl Nfyc NCBI RGD Ensembl Cebpz NCBI RGD Ensembl
Mecp2	2.57	Mecp2 NCBI RGD Ensembl
Klf4_Sp3	2.34	Klf4 NCBI RGD Ensembl Sp3 NCBI RGD Ensembl
Hic2	2.20	Hic2 NCBI RGD Ensembl
Hcfc1_Six5_Smarcc2_Zfp143	2.16	Hcfc1 NCBI RGD Ensembl Six5 NCBI RGD Ensembl Smarcc2 NCBI RGD Ensembl Zfp143 NCBI RGD Ensembl
Yy1_Yy2	2.04	Yy1 NCBI RGD Ensembl
Zfp110	2.03	Zfp110 NCBI RGD Ensembl
Zfx_Zfp711	2.02	Zfx NCBI RGD Ensembl Zfp711 NCBI RGD Ensembl
Rfx3_Rfx1_Rfx4	2.01	Rfx3 NCBI RGD Ensembl Rfx1 NCBI RGD Ensembl Rfx4 NCBI RGD Ensembl
Gtf2i_Gtf2f1	1.96	Gtf2i NCBI RGD Ensembl Gtf2f1 NCBI RGD Ensembl
Elf1_Elf2_Etv2_Elf4	1.96	Elf1 NCBI RGD Ensembl Elf2 NCBI RGD Ensembl Etv2 NCBI RGD Ensembl Elf4 NCBI RGD Ensembl
Esrrb_Esrra	1.85	Esrrb NCBI RGD Ensembl Esrra NCBI RGD Ensembl
Hoxb7	1.84	Hoxb7 NCBI RGD Ensembl
Hic1	1.82	Hic1 NCBI RGD Ensembl
Pou1f1	1.76	Pou1f1 NCBI RGD Ensembl
Irf2_Irf1_Irf8_Irf9_Irf7	1.75	Irf2 NCBI RGD Ensembl Irf1 NCBI RGD Ensembl Irf8 NCBI RGD Ensembl Irf9 NCBI RGD Ensembl Irf7 NCBI RGD Ensembl
Klf6_Patz1	1.67	Klf6 NCBI RGD Ensembl Patz1 NCBI RGD Ensembl
Maz_Zfp281	1.66	Maz NCBI RGD Ensembl Zfp281 NCBI RGD Ensembl
Rfx2_Rfx7	1.59	Rfx2 NCBI RGD Ensembl Rfx7 NCBI RGD Ensembl
Epas1_Bcl3	1.54	Epas1 NCBI RGD Ensembl Bcl3 NCBI RGD Ensembl
Stat5a	1.52	Stat5a NCBI RGD Ensembl
Nrf1	1.50	Nrf1 NCBI RGD Ensembl
Esr2	1.49	Esr2 NCBI RGD Ensembl
Tfap2a	1.46	Tfap2a NCBI RGD Ensembl
Nhlh1	1.45	Nhlh1 NCBI RGD Ensembl
Etv3_Erf_Fev_Elk4_Elk1_Elk3	1.42	Etv3 NCBI RGD Ensembl Erf NCBI RGD Ensembl Fev NCBI RGD Ensembl Elk4 NCBI RGD Ensembl Elk1 NCBI RGD Ensembl Elk3 NCBI RGD Ensembl
Ar	1.40	Ar NCBI RGD Ensembl
Smad1	1.38	Smad1 NCBI RGD Ensembl
Ahr	1.37	Ahr NCBI RGD Ensembl
Max_Mycn	1.30	Max NCBI RGD Ensembl Mycn NCBI RGD Ensembl
Myf6	1.27	Myf6 NCBI RGD Ensembl
Sin3a	1.22	Sin3a NCBI RGD Ensembl
Ebf1	1.22	Ebf1 NCBI RGD Ensembl
Zbtb33_Chd2	1.21	Zbtb33 NCBI RGD Ensembl Chd2 NCBI RGD Ensembl
Irx6_Irx2_Irx3	1.20	Irx6 NCBI RGD Ensembl Irx2 NCBI RGD Ensembl Irx3 NCBI RGD Ensembl
Pou2f2_Pou3f1	1.19	Pou2f2 NCBI RGD Ensembl Pou3f1 NCBI RGD Ensembl
Tgif1_Meis3	1.18	Tgif1 NCBI RGD Ensembl Meis3 NCBI RGD Ensembl
Pparg_Rxrg	1.16	Pparg NCBI RGD Ensembl Rxrg NCBI RGD Ensembl
Junb_Jund	1.16	Junb NCBI RGD Ensembl Jund NCBI RGD Ensembl
Sox2	1.13	Sox2 NCBI RGD Ensembl
Spi1	1.12	Spi1 NCBI RGD Ensembl
Nr3c2	1.11	Nr3c2 NCBI RGD Ensembl
Stat2	1.11	Stat2 NCBI RGD Ensembl
Pax5	1.11	Pax5 NCBI RGD Ensembl
Cebpe	1.11	Cebpe NCBI RGD Ensembl
Hnf4g	1.09	Hnf4g NCBI RGD Ensembl
Ctcfl_Ctcf	1.09	Ctcfl NCBI RGD Ensembl Ctcf NCBI RGD Ensembl
Esr1	1.08	Esr1 NCBI RGD Ensembl
Nr5a2	1.08	Nr5a2 NCBI RGD Ensembl
Etv1_Etv5_Gabpa	1.08	Etv1 NCBI RGD Ensembl Etv5 NCBI RGD Ensembl Gabpa NCBI RGD Ensembl
Nfatc1	1.07	Nfatc1 NCBI RGD Ensembl
Tcf7_Tcf7l2	1.06	Tcf7 NCBI RGD Ensembl Tcf7l2 NCBI RGD Ensembl
Hey1_Myc_Mxi1	1.02	Hey1 NCBI RGD Ensembl Myc NCBI RGD Ensembl Mxi1 NCBI RGD Ensembl
Tfeb_Usf1_Srebf1_Usf2_Bhlhe41_Srebf2	1.01	Tfeb NCBI RGD Ensembl Usf1 NCBI RGD Ensembl Srebf1 NCBI RGD Ensembl Usf2 NCBI RGD Ensembl Bhlhe41 NCBI RGD Ensembl Srebf2 NCBI RGD Ensembl
Nfil3_Tef	1.01	Nfil3 NCBI RGD Ensembl Tef NCBI RGD Ensembl
E2f1	1.00	E2f1 NCBI RGD Ensembl
Mybl1	0.99	Mybl1 NCBI RGD Ensembl
Cpeb1	0.98	Cpeb1 NCBI RGD Ensembl
Vsx1_Uncx_Prrx2_Shox2_Noto	0.98	Vsx1 NCBI RGD Ensembl Uncx NCBI RGD Ensembl Prrx2 NCBI RGD Ensembl Shox2 NCBI RGD Ensembl Noto NCBI RGD Ensembl
Bptf	0.98	Bptf NCBI RGD Ensembl
Foxi1_Foxo1	0.95	Foxi1 NCBI RGD Ensembl Foxo1 NCBI RGD Ensembl
E2f6	0.95	E2f6 NCBI RGD Ensembl
Egr1	0.94	Egr1 NCBI RGD Ensembl
Hoxa13	0.94	Hoxa13 NCBI RGD Ensembl
Tcf21_Msc	0.93	Tcf21 NCBI RGD Ensembl Msc NCBI RGD Ensembl
Obox6_Obox5	0.92
Fosl2_Bach2	0.92	Fosl2 NCBI RGD Ensembl Bach2 NCBI RGD Ensembl
Hoxc4_Arx_Otp_Esx1_Phox2b	0.92	Hoxc4 NCBI RGD Ensembl Arx NCBI RGD Ensembl Otp NCBI RGD Ensembl Esx1 NCBI RGD Ensembl Phox2b NCBI RGD Ensembl
Elf5	0.92	Elf5 NCBI RGD Ensembl
Dmc1	0.91	Dmc1 NCBI RGD Ensembl
Prdm1	0.91	Prdm1 NCBI RGD Ensembl
Rest	0.90	Rest NCBI RGD Ensembl
Runx2_Bcl11a	0.90	Runx2 NCBI RGD Ensembl Bcl11a NCBI RGD Ensembl
Lhx2_Hoxc5	0.88	Lhx2 NCBI RGD Ensembl Hoxc5 NCBI RGD Ensembl
Spic	0.88	Spic NCBI RGD Ensembl
Zfp384	0.88	Zfp384 NCBI RGD Ensembl
Dbp	0.87	Dbp NCBI RGD Ensembl
Zic2	0.87	Zic2 NCBI RGD Ensembl
Gcm2	0.86	Gcm2 NCBI RGD Ensembl
Tlx1	0.86	Tlx1 NCBI RGD Ensembl
Klf16_Sp8	0.86	Klf16 NCBI RGD Ensembl Sp8 NCBI RGD Ensembl
Sox18_Sox12	0.85	Sox18 NCBI RGD Ensembl Sox12 NCBI RGD Ensembl
Tbr1	0.84	Tbr1 NCBI RGD Ensembl
Klf15	0.84	Klf15 NCBI RGD Ensembl
Atf3	0.83	Atf3 NCBI RGD Ensembl
Hif1a	0.83	Hif1a NCBI RGD Ensembl
Sp1	0.82	Sp1 NCBI RGD Ensembl
Crem_Jdp2	0.82	Crem NCBI RGD Ensembl Jdp2 NCBI RGD Ensembl
Ascl2	0.82	Ascl2 NCBI RGD Ensembl
Pou2f1	0.81	Pou2f1 NCBI RGD Ensembl
Mzf1	0.80	Mzf1 NCBI RGD Ensembl
Ets1	0.79	Ets1 NCBI RGD Ensembl
Neurod2_Bhlha15_Bhlhe22_Olig1	0.78	Neurod2 NCBI RGD Ensembl Bhlha15 NCBI RGD Ensembl Bhlhe22 NCBI RGD Ensembl Olig1 NCBI RGD Ensembl
Nfic_Nfib	0.78	Nfic NCBI RGD Ensembl Nfib NCBI RGD Ensembl
Id4	0.78	Id4 NCBI RGD Ensembl
Pitx1	0.76	Pitx1 NCBI RGD Ensembl
Rad21_Smc3	0.76	Rad21 NCBI RGD Ensembl Smc3 NCBI RGD Ensembl
Mnt	0.76	Mnt NCBI RGD Ensembl
Creb1	0.76	Creb1 NCBI RGD Ensembl
Nr2f1_Nr4a1	0.74	Nr2f1 NCBI RGD Ensembl Nr4a1 NCBI RGD Ensembl
Hlf	0.74	Hlf NCBI RGD Ensembl
Cux1	0.73	Cux1 NCBI RGD Ensembl Cux1 NCBI RGD Ensembl
Fli1	0.73	Fli1 NCBI RGD Ensembl
Tgif2_Tgif2lx1_Tgif2lx2	0.73	Tgif2 NCBI RGD Ensembl Tgif2lx2 NCBI RGD Ensembl
Neurod1	0.72	Neurod1 NCBI RGD Ensembl
Isl2	0.72	Isl2 NCBI RGD Ensembl
Smarcc1_Fosl1	0.72	Smarcc1 NCBI RGD Ensembl Fosl1 NCBI RGD Ensembl
Gata3	0.71	Gata3 NCBI RGD Ensembl
Mafb	0.71	Mafb NCBI RGD Ensembl
Zfp263	0.71	Zfp263 NCBI RGD Ensembl
Klf12_Klf14_Sp4	0.71	Klf12 NCBI RGD Ensembl Klf14 NCBI RGD Ensembl Sp4 NCBI RGD Ensembl
Pitx2_Otx2	0.70	Pitx2 NCBI RGD Ensembl Otx2 NCBI RGD Ensembl
Sox14	0.70	Sox14 NCBI RGD Ensembl
Zfp524	0.70	Zfp524 NCBI RGD Ensembl
Ddit3	0.69	Ddit3 NCBI RGD Ensembl
Tcf7l1	0.69	Tcf7l1 NCBI RGD Ensembl
Nfatc2	0.68	Nfatc2 NCBI RGD Ensembl
Gsx1_Alx1_Mixl1_Lbx2	0.68	Gsx1 NCBI RGD Ensembl Alx1 NCBI RGD Ensembl Mixl1 NCBI RGD Ensembl Lbx2 NCBI RGD Ensembl
Evx2	0.68	Evx2 NCBI RGD Ensembl
Hsf2	0.68	Hsf2 NCBI RGD Ensembl
Pou4f1_Pou6f1	0.67	Pou4f1 NCBI RGD Ensembl Pou6f1 NCBI RGD Ensembl
Stat4_Stat3_Stat5b	0.67	Stat3 NCBI RGD Ensembl Stat5b NCBI RGD Ensembl
Hes1	0.67	Hes1 NCBI RGD Ensembl
Snai1_Zeb1_Snai2	0.67	Snai1 NCBI RGD Ensembl Zeb1 NCBI RGD Ensembl Snai2 NCBI RGD Ensembl
Mnx1_Lhx6_Lmx1a	0.67	Mnx1 NCBI RGD Ensembl Lhx6 NCBI RGD Ensembl Lmx1a NCBI RGD Ensembl
Tfap2c	0.67	Tfap2c NCBI RGD Ensembl
Hbp1	0.66	Hbp1 NCBI RGD Ensembl
Nfia	0.66	Nfia NCBI RGD Ensembl
Zbtb7b	0.66	Zbtb7b NCBI RGD Ensembl
Foxq1	0.66	Foxq1 NCBI RGD Ensembl
Erg	0.66	Erg NCBI RGD Ensembl
Hsf1	0.65	Hsf1 NCBI RGD Ensembl
Sox5_Sry	0.65	Sox5 NCBI RGD Ensembl Sry NCBI RGD Ensembl
Cenpb	0.64	Cenpb NCBI RGD Ensembl
Tfap4	0.64	Tfap4 NCBI RGD Ensembl
Fos	0.63	Fos NCBI RGD Ensembl
Foxp2_Foxp3	0.63	Foxp2 NCBI RGD Ensembl Foxp3 NCBI RGD Ensembl
Hoxb13	0.62	Hoxb13 NCBI RGD Ensembl
Smad3	0.62	Smad3 NCBI RGD Ensembl
Rela_Rel_Nfkb1	0.62	Rela NCBI RGD Ensembl Rel NCBI RGD Ensembl Nfkb1 NCBI RGD Ensembl
Foxk1_Foxj1	0.62	Foxk1 NCBI RGD Ensembl
Dlx1	0.62	Dlx1 NCBI RGD Ensembl
Nfe2_Bach1_Mafk	0.62	Nfe2 NCBI RGD Ensembl Bach1 NCBI RGD Ensembl Mafk NCBI RGD Ensembl
Spib	0.61	Spib NCBI RGD Ensembl
Zfp219_Zfp740	0.61	Zfp219 NCBI RGD Ensembl
Hsf4	0.61	Hsf4 NCBI RGD Ensembl
Smad4	0.61	Smad4 NCBI RGD Ensembl
Srf	0.61	Srf NCBI RGD Ensembl
Zbtb14	0.61
Rreb1	0.61	Rreb1 NCBI RGD Ensembl
Gli3_Zic1	0.60	Gli3 NCBI RGD Ensembl Zic1 NCBI RGD Ensembl
Hoxa9_Hoxb9	0.60	Hoxa9 NCBI RGD Ensembl Hoxb9 NCBI RGD Ensembl
Nkx3-2	0.60	Nkx3-2 NCBI RGD Ensembl
Sp100	0.60	Sp100 NCBI RGD Ensembl
Six6	0.59	Six6 NCBI RGD Ensembl
Meox2	0.59	Meox2 NCBI RGD Ensembl
Atf1_Creb5	0.59	Atf1 NCBI RGD Ensembl Creb5 NCBI RGD Ensembl
Ppara	0.59	Ppara NCBI RGD Ensembl
Etv6	0.58	Etv6 NCBI RGD Ensembl
Nr1i3	0.58	Nr1i3 NCBI RGD Ensembl
Rfx5	0.58	Rfx5 NCBI RGD Ensembl
Zbtb3	0.58	Zbtb3 NCBI RGD Ensembl
Plag1	0.58	Plag1 NCBI RGD Ensembl
Lhx5_Lmx1b_Lhx1	0.57	Lhx5 NCBI RGD Ensembl Lmx1b NCBI RGD Ensembl Lhx1 NCBI RGD Ensembl
Mbd2	0.57	Mbd2 NCBI RGD Ensembl
Klf1	0.57	Klf1 NCBI RGD Ensembl
Hinfp	0.56	Hinfp NCBI RGD Ensembl
Atoh1_Bhlhe23	0.56	Atoh1 NCBI RGD Ensembl Bhlhe23 NCBI RGD Ensembl
Nr2f2	0.55	Nr2f2 NCBI RGD Ensembl
Osr2_Osr1	0.55	Osr2 NCBI RGD Ensembl Osr1 NCBI RGD Ensembl
Dlx5_Dlx4	0.55	Dlx5 NCBI RGD Ensembl Dlx4 NCBI RGD Ensembl
Rarg	0.54	Rarg NCBI RGD Ensembl
Nfe2l2	0.54	Nfe2l2 NCBI RGD Ensembl
Zbtb18	0.54
Nkx2-3	0.54	Nkx2-3 NCBI RGD Ensembl
Zic4	0.54	Zic4 NCBI RGD Ensembl
Neurog2	0.54	Neurog2 NCBI RGD Ensembl
Tbx15	0.54	Tbx15 NCBI RGD Ensembl
Hnf1b	0.53	Hnf1b NCBI RGD Ensembl
Zbtb16	0.53	Zbtb16 NCBI RGD Ensembl
Nfatc3	0.53	Nfatc3 NCBI RGD Ensembl
Irf3	0.53	Irf3 NCBI RGD Ensembl
Trp53	0.52
Hoxd1	0.52	Hoxd1 NCBI RGD Ensembl
Tbx5	0.52	Tbx5 NCBI RGD Ensembl
Tbx2	0.52	Tbx2 NCBI RGD Ensembl
Hoxa4	0.52	Hoxa4 NCBI RGD Ensembl
Crx_Gsc	0.52	Crx NCBI RGD Ensembl Gsc NCBI RGD Ensembl
Atf7_E4f1	0.52	Atf7 NCBI RGD Ensembl E4f1 NCBI RGD Ensembl
Ebf3	0.51	Ebf3 NCBI RGD Ensembl
Foxf2	0.51
Tead3_Tead4	0.51	Tead3 NCBI RGD Ensembl Tead4 NCBI RGD Ensembl
Hoxb2_Dlx2	0.51	Hoxb2 NCBI RGD Ensembl Dlx2 NCBI RGD Ensembl
Pitx3	0.51	Pitx3 NCBI RGD Ensembl
Meox1	0.50	Meox1 NCBI RGD Ensembl
Nr1i2	0.50	Nr1i2 NCBI RGD Ensembl
Foxp1_Foxj2	0.50	Foxp1 NCBI RGD Ensembl Foxj2 NCBI RGD Ensembl
Mybl2	0.50	Mybl2 NCBI RGD Ensembl
Runx1	0.50	Runx1 NCBI RGD Ensembl
Sox6_Sox9	0.49	Sox6 NCBI RGD Ensembl Sox9 NCBI RGD Ensembl
Hoxa2	0.49
Ezh2_Atf2_Ikzf1	0.49	Ezh2 NCBI RGD Ensembl Atf2 NCBI RGD Ensembl Ikzf1 NCBI RGD Ensembl
Runx3	0.49	Runx3 NCBI RGD Ensembl
Arntl_Tfe3_Mlx_Mitf_Mlxipl_Tfec	0.48	Arntl NCBI RGD Ensembl Tfe3 NCBI RGD Ensembl Mlx NCBI RGD Ensembl Mitf NCBI RGD Ensembl Mlxipl NCBI RGD Ensembl Tfec NCBI RGD Ensembl
Pbx1_Pbx3	0.48	Pbx1 NCBI RGD Ensembl Pbx3 NCBI RGD Ensembl
Hnf1a	0.48	Hnf1a NCBI RGD Ensembl
Zbtb4	0.48	Zbtb4 NCBI RGD Ensembl
Prrx1_Isx_Prrxl1	0.48	Prrx1 NCBI RGD Ensembl Isx NCBI RGD Ensembl
Aire	0.47	Aire NCBI RGD Ensembl
Atf6	0.47	Atf6 NCBI RGD Ensembl
Nkx2-1	0.47	Nkx2-1 NCBI RGD Ensembl
Hsfy2	0.47	Hsfy2 NCBI RGD Ensembl
Foxf1	0.47	Foxf1 NCBI RGD Ensembl
Bcl6	0.47	Bcl6 NCBI RGD Ensembl
Hmga1	0.47	Hmga1 NCBI RGD Ensembl
Hoxa7_Hoxc8	0.47	Hoxa7 NCBI RGD Ensembl Hoxc8 NCBI RGD Ensembl
Pou3f4	0.46	Pou3f4 NCBI RGD Ensembl
Pou5f1	0.46	Pou5f1 NCBI RGD Ensembl
Nkx2-9	0.46
Irx5	0.45	Irx5 NCBI RGD Ensembl
Prop1	0.45	Prop1 NCBI RGD Ensembl
Hoxb5	0.45	Hoxb5 NCBI RGD Ensembl
Arid5b	0.45	Arid5b NCBI RGD Ensembl
Foxo6	0.44	Foxo6 NCBI RGD Ensembl
Gfi1_Gfi1b	0.44	Gfi1 NCBI RGD Ensembl Gfi1b NCBI RGD Ensembl
Hdx	0.44	Hdx NCBI RGD Ensembl
Gata5	0.44	Gata5 NCBI RGD Ensembl
Lhx8	0.43	Lhx8 NCBI RGD Ensembl
Tfcp2	0.43	Tfcp2 NCBI RGD Ensembl
Pbx2	0.43	Pbx2 NCBI RGD Ensembl
Zkscan1	0.43	Zkscan1 NCBI RGD Ensembl
Scrt1	0.43	Scrt1 NCBI RGD Ensembl
Hmx1	0.43	Hmx1 NCBI RGD Ensembl
Zfp148	0.43	Zfp148 NCBI RGD Ensembl
Scrt2	0.42	Scrt2 NCBI RGD Ensembl
Mef2d_Mef2a	0.42	Mef2d NCBI RGD Ensembl Mef2a NCBI RGD Ensembl
Nkx2-2	0.42	Nkx2-2 NCBI RGD Ensembl
Msx3	0.42	Msx3 NCBI RGD Ensembl
Foxa3	0.42	Foxa3 NCBI RGD Ensembl
Ikzf2	0.42	Ikzf2 NCBI RGD Ensembl
Zfp784	0.42
Elf3	0.42	Elf3 NCBI RGD Ensembl
Foxc2	0.41	Foxc2 NCBI RGD Ensembl
Obox1	0.41
Cebpb	0.41	Cebpb NCBI RGD Ensembl
Hmga2	0.41	Hmga2 NCBI RGD Ensembl
Meis1	0.41	Meis1 NCBI RGD Ensembl
Phox2a	0.41	Phox2a NCBI RGD Ensembl
Hes5_Hes7	0.41	Hes5 NCBI RGD Ensembl Hes7 NCBI RGD Ensembl
Grhl1	0.41	Grhl1 NCBI RGD Ensembl
En1	0.41	En1 NCBI RGD Ensembl
Gata2_Gata1	0.40	Gata2 NCBI RGD Ensembl Gata1 NCBI RGD Ensembl
Hoxa1	0.40	Hoxa1 NCBI RGD Ensembl
Rxra	0.40	Rxra NCBI RGD Ensembl
Rhox11	0.40	Rhox11 NCBI RGD Ensembl
Olig2_Olig3	0.40	Olig2 NCBI RGD Ensembl Olig3 NCBI RGD Ensembl
Mafa	0.40	Mafa NCBI RGD Ensembl
Hnf4a	0.40	Hnf4a NCBI RGD Ensembl
Nr2c2	0.40	Nr2c2 NCBI RGD Ensembl
Meis2	0.39	Meis2 NCBI RGD Ensembl
Cebpa_Cebpg	0.39	Cebpa NCBI RGD Ensembl Cebpg NCBI RGD Ensembl
Tfap2d	0.39	Tfap2d NCBI RGD Ensembl
Jun	0.39	Jun NCBI RGD Ensembl
Nkx6-1_Evx1_Hesx1	0.39	Nkx6-1 NCBI RGD Ensembl Hesx1 NCBI RGD Ensembl
Gli2	0.39	Gli2 NCBI RGD Ensembl
Stat6	0.39	Stat6 NCBI RGD Ensembl
Atf5	0.39	Atf5 NCBI RGD Ensembl
Rorc_Nr1d1	0.39	Rorc NCBI RGD Ensembl Nr1d1 NCBI RGD Ensembl
Gcm1	0.39	Gcm1 NCBI RGD Ensembl
Lef1	0.39	Lef1 NCBI RGD Ensembl
Xbp1_Creb3l1	0.38	Xbp1 NCBI RGD Ensembl Creb3l1 NCBI RGD Ensembl
Atf4	0.38	Atf4 NCBI RGD Ensembl
Sp2	0.38	Sp2 NCBI RGD Ensembl
Hoxa11_Hoxc12	0.38	Hoxa11 NCBI RGD Ensembl Hoxa11 NCBI RGD Ensembl Hoxc12 NCBI RGD Ensembl
Nr4a2	0.37	Nr4a2 NCBI RGD Ensembl
Foxd1	0.37	Foxd1 NCBI RGD Ensembl
Alx4	0.37	Alx4 NCBI RGD Ensembl
Sox11	0.37	Sox11 NCBI RGD Ensembl
Myod1	0.37	Myod1 NCBI RGD Ensembl
Ets2	0.37	Ets2 NCBI RGD Ensembl
Creb3	0.37	Creb3 NCBI RGD Ensembl
Pax4	0.37	Pax4 NCBI RGD Ensembl
Foxa2_Foxa1	0.36	Foxa2 NCBI RGD Ensembl Foxa1 NCBI RGD Ensembl
Stat1	0.36	Stat1 NCBI RGD Ensembl
Batf3	0.36	Batf3 NCBI RGD Ensembl
Ubp1	0.36	Ubp1 NCBI RGD Ensembl
E2f3	0.36	E2f3 NCBI RGD Ensembl
Foxc1	0.36	Foxc1 NCBI RGD Ensembl
Zbtb7a	0.36	Zbtb7a NCBI RGD Ensembl
Nr1h2	0.36	Nr1h2 NCBI RGD Ensembl
Etv4	0.36	Etv4 NCBI RGD Ensembl
Zfhx3	0.36	Zfhx3 NCBI RGD Ensembl
Sox21	0.36	Sox21 NCBI RGD Ensembl
Nr1h4	0.36	Nr1h4 NCBI RGD Ensembl
Hoxd9	0.36	Hoxd9 NCBI RGD Ensembl
Gsx2_Hoxd3_Vax1	0.36	Gsx2 NCBI RGD Ensembl Hoxd3 NCBI RGD Ensembl Vax1 NCBI RGD Ensembl
Nkx3-1	0.35	Nkx3-1 NCBI RGD Ensembl
Zbtb12	0.35	Zbtb12 NCBI RGD Ensembl
Vdr	0.35	Vdr NCBI RGD Ensembl
Nr2f6	0.35	Nr2f6 NCBI RGD Ensembl
Maf_Nrl	0.35	Maf NCBI RGD Ensembl Nrl NCBI RGD Ensembl
Pax6	0.35	Pax6 NCBI RGD Ensembl
Hoxc13_Hoxd13	0.35	Hoxc13 NCBI RGD Ensembl Hoxd13 NCBI RGD Ensembl
Tcf4_Mesp1	0.35	Tcf4 NCBI RGD Ensembl Mesp1 NCBI RGD Ensembl
Irf5_Irf6	0.35	Irf5 NCBI RGD Ensembl Irf6 NCBI RGD Ensembl
Spdef	0.34	Spdef NCBI RGD Ensembl
Mef2c	0.34	Mef2c NCBI RGD Ensembl
Rora	0.34	Rora NCBI RGD Ensembl
Bsx	0.34	Bsx NCBI RGD Ensembl
Lhx3	0.34	Lhx3 NCBI RGD Ensembl
Gmeb1	0.34	Gmeb1 NCBI RGD Ensembl
Tcf3	0.34	Tcf3 NCBI RGD Ensembl
Myog_Tcf12	0.34	Myog NCBI RGD Ensembl Tcf12 NCBI RGD Ensembl
Foxo3	0.34	Foxo3 NCBI RGD Ensembl
Tbx1_Eomes	0.34	Tbx1 NCBI RGD Ensembl Eomes NCBI RGD Ensembl
Mef2b	0.33	Mef2b NCBI RGD Ensembl
Rbpj	0.33	Rbpj NCBI RGD Ensembl Rbpj NCBI RGD Ensembl
Zkscan3	0.33	Zkscan3 NCBI RGD Ensembl
Rxrb	0.33	Rxrb NCBI RGD Ensembl
Irf4	0.33	Irf4 NCBI RGD Ensembl
Tfcp2l1	0.33	Tfcp2l1 NCBI RGD Ensembl
T	0.33	T NCBI RGD Ensembl
Thrb	0.32	Thrb NCBI RGD Ensembl
Hoxa5	0.32	Hoxa5 NCBI RGD Ensembl Hoxa5 NCBI RGD Ensembl
Fubp1	0.32	Fubp1 NCBI RGD Ensembl
Sox3_Sox10	0.32	Sox10 NCBI RGD Ensembl
Pou4f3	0.32	Pou4f3 NCBI RGD Ensembl
Glis2	0.32	Glis2 NCBI RGD Ensembl
Pax8	0.32	Pax8 NCBI RGD Ensembl
Zbtb7c	0.32	Zbtb7c NCBI RGD Ensembl
Hoxa10	0.32	Hoxa10 NCBI RGD Ensembl
Tal1	0.31	Tal1 NCBI RGD Ensembl
Nfat5	0.31	Nfat5 NCBI RGD Ensembl
Klf13	0.31	Klf13 NCBI RGD Ensembl
Tfap2b	0.31	Tfap2b NCBI RGD Ensembl
Mtf1	0.31	Mtf1 NCBI RGD Ensembl
Nanog	0.31	Nanog NCBI RGD Ensembl
Hoxb8_Pdx1	0.31	Hoxb8 NCBI RGD Ensembl Pdx1 NCBI RGD Ensembl
Maff	0.31	Maff NCBI RGD Ensembl
Hand1	0.30	Hand1 NCBI RGD Ensembl
Zfp423	0.30	Zfp423 NCBI RGD Ensembl
Zbtb6	0.30	Zbtb6 NCBI RGD Ensembl
Nkx2-5	0.30	Nkx2-5 NCBI RGD Ensembl
Otx1	0.30	Otx1 NCBI RGD Ensembl
Plagl1	0.30	Plagl1 NCBI RGD Ensembl
Tbx21	0.30	Tbx21 NCBI RGD Ensembl
E2f4	0.29	E2f4 NCBI RGD Ensembl
Pou6f2_Pou4f2	0.29	Pou6f2 NCBI RGD Ensembl Pou4f2 NCBI RGD Ensembl
Rhox4e_Rhox6_Vax2	0.29	Vax2 NCBI RGD Ensembl
Esrrg	0.29	Esrrg NCBI RGD Ensembl
Hoxb4	0.29	Hoxb4 NCBI RGD Ensembl
Emx1_Emx2	0.29	Emx1 NCBI RGD Ensembl Emx2 NCBI RGD Ensembl
E2f2_E2f5	0.29	E2f2 NCBI RGD Ensembl E2f5 NCBI RGD Ensembl
Myb	0.29	Myb NCBI RGD Ensembl
Msx1_Lhx9_Barx1_Rax_Dlx6	0.29	Msx1 NCBI RGD Ensembl Lhx9 NCBI RGD Ensembl Barx1 NCBI RGD Ensembl Rax NCBI RGD Ensembl Dlx6 NCBI RGD Ensembl
Hoxb3	0.29	Hoxb3 NCBI RGD Ensembl
Six3_Six1_Six2	0.29	Six3 NCBI RGD Ensembl Six1 NCBI RGD Ensembl Six2 NCBI RGD Ensembl
Pou2f3	0.29	Pou2f3 NCBI RGD Ensembl
Figla	0.28	Figla NCBI RGD Ensembl
Nkx1-1_Nkx1-2	0.28	Nkx1-1 NCBI RGD Ensembl Nkx1-2 NCBI RGD Ensembl
Hey2	0.28	Hey2 NCBI RGD Ensembl
Klf7	0.28	Klf7 NCBI RGD Ensembl Klf7 NCBI RGD Ensembl
Mga	0.28	Mga NCBI RGD Ensembl
Clock	0.28	Clock NCBI RGD Ensembl
Tlx2	0.28	Tlx2 NCBI RGD Ensembl Tlx2 NCBI RGD Ensembl
Hoxc6	0.28	Hoxc6 NCBI RGD Ensembl
Insm1	0.28
Pou3f2	0.27	Pou3f2 NCBI RGD Ensembl
Six4	0.27	Six4 NCBI RGD Ensembl
Foxg1	0.27	Foxg1 NCBI RGD Ensembl
Gli1	0.27	Gli1 NCBI RGD Ensembl
Msx2_Hoxd4	0.27	Msx2 NCBI RGD Ensembl Hoxd4 NCBI RGD Ensembl
Barhl1	0.26	Barhl1 NCBI RGD Ensembl
E2f8	0.26	E2f8 NCBI RGD Ensembl
Mecom	0.26	Mecom NCBI RGD Ensembl
Klf8	0.26	Klf8 NCBI RGD Ensembl
Zic3	0.26	Zic3 NCBI RGD Ensembl
Hoxd8	0.26	Hoxd8 NCBI RGD Ensembl
Sox8	0.26	Sox8 NCBI RGD Ensembl
Nfkb2	0.25	Nfkb2 NCBI RGD Ensembl
Creb3l2	0.25	Creb3l2 NCBI RGD Ensembl
Hoxd12	0.25	Hoxd12 NCBI RGD Ensembl
Gzf1	0.25	Gzf1 NCBI RGD Ensembl
Nkx6-3_Dbx2_Barx2	0.24	Nkx6-3 NCBI RGD Ensembl Dbx2 NCBI RGD Ensembl Barx2 NCBI RGD Ensembl
Isl1	0.24	Isl1 NCBI RGD Ensembl
Rarb	0.24	Rarb NCBI RGD Ensembl
Relb	0.24	Relb NCBI RGD Ensembl
Sox30	0.23	Sox30 NCBI RGD Ensembl
Bhlhe40	0.23	Bhlhe40 NCBI RGD Ensembl
Onecut2_Onecut3	0.23	Onecut2 NCBI RGD Ensembl Onecut3 NCBI RGD Ensembl
Zscan4c	0.23
Lhx4	0.23	Lhx4 NCBI RGD Ensembl
Gata4	0.23	Gata4 NCBI RGD Ensembl
Tfap2e	0.23	Tfap2e NCBI RGD Ensembl
Hoxd10	0.23	Hoxd10 NCBI RGD Ensembl
Tbx4	0.23	Tbx4 NCBI RGD Ensembl
Zfp105	0.23	Zfp105 NCBI RGD Ensembl
Nkx6-2	0.23	Nkx6-2 NCBI RGD Ensembl
Nfix	0.22
Foxo4	0.22	Foxo4 NCBI RGD Ensembl
Zfp128	0.22	Zfp128 NCBI RGD Ensembl Zfp128 NCBI RGD Ensembl
Gbx1_Nobox_Alx3	0.22	Gbx1 NCBI RGD Ensembl Nobox NCBI RGD Ensembl Alx3 NCBI RGD Ensembl
Gsc2_Dmbx1	0.22	Gsc2 NCBI RGD Ensembl Dmbx1 NCBI RGD Ensembl
Thra	0.22	Thra NCBI RGD Ensembl
Hoxa3	0.21	Hoxa3 NCBI RGD Ensembl
Hoxb1	0.21	Hoxb1 NCBI RGD Ensembl
Nr4a3	0.21	Nr4a3 NCBI RGD Ensembl
Pax3	0.21	Pax3 NCBI RGD Ensembl
Hoxd11_Cdx1_Hoxc11	0.21	Hoxd11 NCBI RGD Ensembl Cdx1 NCBI RGD Ensembl Hoxc11 NCBI RGD Ensembl
Arnt	0.21	Arnt NCBI RGD Ensembl
Zfp282	0.21	Zfp282 NCBI RGD Ensembl
Rara	0.20	Rara NCBI RGD Ensembl
Barhl2	0.20	Barhl2 NCBI RGD Ensembl
Nr2e3	0.20	Nr2e3 NCBI RGD Ensembl
Pknox2_Pknox1	0.20	Pknox2 NCBI RGD Ensembl Pknox1 NCBI RGD Ensembl
Twist1	0.20	Twist1 NCBI RGD Ensembl
Foxd3	0.20
Sox1	0.20
Gbx2	0.20	Gbx2 NCBI RGD Ensembl
Foxb1	0.20	Foxb1 NCBI RGD Ensembl
Hoxc9	0.19	Hoxc9 NCBI RGD Ensembl
Ep300	0.19	Ep300 NCBI RGD Ensembl
Nkx2-4	0.19	Nkx2-4 NCBI RGD Ensembl
Prox1	0.19	Prox1 NCBI RGD Ensembl
Trp73	0.19
Hmbox1	0.19	Hmbox1 NCBI RGD Ensembl
Foxd2	0.19	Foxd2 NCBI RGD Ensembl
Irx4	0.19	Irx4 NCBI RGD Ensembl
Ptf1a	0.18	Ptf1a NCBI RGD Ensembl
Vsx2_Dlx3	0.18	Vsx2 NCBI RGD Ensembl Dlx3 NCBI RGD Ensembl
Hoxc10	0.18	Hoxc10 NCBI RGD Ensembl
Cbfb	0.18	Cbfb NCBI RGD Ensembl
Trp63	0.18
Nfe2l1_Mafg	0.17	Nfe2l1 NCBI RGD Ensembl Mafg NCBI RGD Ensembl
Cdc5l	0.17	Cdc5l NCBI RGD Ensembl
Cebpd	0.17	Cebpd NCBI RGD Ensembl
Tead1	0.17	Tead1 NCBI RGD Ensembl
Arid3a	0.17	Arid3a NCBI RGD Ensembl
Bbx	0.17	Bbx NCBI RGD Ensembl
Zbtb49	0.17	Zbtb49 NCBI RGD Ensembl
Smad2	0.17	Smad2 NCBI RGD Ensembl
E2f7	0.17	E2f7 NCBI RGD Ensembl
Obox3	0.16
Bcl6b	0.16	Bcl6b NCBI RGD Ensembl
Zfp652	0.16	Zfp652 NCBI RGD Ensembl
Hoxb6	0.16	Hoxb6 NCBI RGD Ensembl
Hivep1	0.16	Hivep1 NCBI RGD Ensembl
Foxm1	0.15	Foxm1 NCBI RGD Ensembl
Batf	0.15	Batf NCBI RGD Ensembl
Sox17	0.15	Sox17 NCBI RGD Ensembl
Nr2c1	0.15	Nr2c1 NCBI RGD Ensembl
Sox15	0.15	Sox15 NCBI RGD Ensembl
Foxn1	0.15	Foxn1 NCBI RGD Ensembl
Gata6	0.14	Gata6 NCBI RGD Ensembl
Hmx3	0.14	Hmx3 NCBI RGD Ensembl
Brca1	0.14	Brca1 NCBI RGD Ensembl
Fosb	0.14	Fosb NCBI RGD Ensembl
Egr3	0.14	Egr3 NCBI RGD Ensembl
Zfp410	0.14	Zfp410 NCBI RGD Ensembl
Nr6a1	0.14	Nr6a1 NCBI RGD Ensembl
Tbx19	0.14	Tbx19 NCBI RGD Ensembl
Pou3f3	0.13	Pou3f3 NCBI RGD Ensembl
Nfatc4	0.13	Nfatc4 NCBI RGD Ensembl
Homez	0.13	Homez NCBI RGD Ensembl
Nkx2-6	0.13	Nkx2-6 NCBI RGD Ensembl
Hmx2	0.12	Hmx2 NCBI RGD Ensembl
Ppard	0.12	Ppard NCBI RGD Ensembl
Ehf	0.12	Ehf NCBI RGD Ensembl
Glis1	0.12	Glis1 NCBI RGD Ensembl
Gmeb2	0.12	Gmeb2 NCBI RGD Ensembl
Cxxc1	0.11	Cxxc1 NCBI RGD Ensembl
Prdm4	0.11	Prdm4 NCBI RGD Ensembl
Arid5a	0.11	Arid5a NCBI RGD Ensembl
Sox7	0.10	Sox7 NCBI RGD Ensembl
Prdm14	0.10	Prdm14 NCBI RGD Ensembl
Nr2e1	0.10	Nr2e1 NCBI RGD Ensembl
Zfp691	0.10	Zfp691 NCBI RGD Ensembl
Pgr_Nr3c1	0.10	Pgr NCBI RGD Ensembl Nr3c1 NCBI RGD Ensembl Nr3c1 NCBI RGD Ensembl
Tbx3	0.09	Tbx3 NCBI RGD Ensembl
Pax1_Pax9	0.09	Pax1 NCBI RGD Ensembl Pax9 NCBI RGD Ensembl
Tbx20	0.09	Tbx20 NCBI RGD Ensembl
Sox4	0.09
Glis3	0.09	Glis3 NCBI RGD Ensembl
Egr4	0.09	Egr4 NCBI RGD Ensembl
Pax2	0.09	Pax2 NCBI RGD Ensembl
Pax7	0.09	Pax7 NCBI RGD Ensembl
Sox13	0.08	Sox13 NCBI RGD Ensembl
Foxl1	0.08	Foxl1 NCBI RGD Ensembl
Onecut1_Cux2	0.08	Onecut1 NCBI RGD Ensembl Cux2 NCBI RGD Ensembl
Nr0b1	0.07	Nr0b1 NCBI RGD Ensembl
Klf3	0.06	Klf3 NCBI RGD Ensembl
En2	0.05	En2 NCBI RGD Ensembl
Arnt2	0.05	Arnt2 NCBI RGD Ensembl
Hlx	0.04	Hlx NCBI RGD Ensembl
Ovol1	0.03	Ovol1 NCBI RGD Ensembl
Cdx2	0.02	Cdx2 NCBI RGD Ensembl

All samples sorted alphabetically

Sample name	Condition	Replicate/Batch
06percent_rep1
06percent_rep2
10percent
14percent
21percent